W latach 20. w ramach rewindykacji cerkwi prawosławnych cerkiew św. Aleksandra Newskiego została przekazana ordynariatowi katolickiemu, który zaadaptował ją na kościół św. Jerzego.
13 października 1923 nieznani sprawcy wysadzili skład amunicji w Cytadeli.
Zginęło 28 osób, a przeszło 40 zostało ciężko rannych. O powiązania z tym wydarzeniem posądzono dwóch oficerów WP Walerego Bagińskiego i Antoniego Wieczorkiewicza, przebywających od sierpnia 1923 r. w areszcie pod zarzutem sympatii i działalności komunistycznej. Obu w wyniku wkrótce przeprowadzonego procesu przed sądem wojskowym i na podstawie innych zarzutów skazano na karę śmierci. Karę wkrótce zamieniono na dożywotnie pozbawienie wolności, a następnie w wyniku porozumienia z ZSRR miano ich wymienić na dwóch obywateli polskich, do czego nie doszło, gdyż w trakcie transportu zostali zastrzeleni przez konwojenta Józefa Muraszko.
W latach międzywojennych w czasie rozbudowy Żoliborza rozebrano trzy z siedmiu (wliczając przedmoście) otaczających cytadelę starych fortów.
Do roku 1939 w Cytadeli stacjonowały: 21 Pułk „Dzieci Warszawy”, 30 Pułk Strzelców Kaniowskich, Centralne Składy Broni nr 1, Centrum Wyszkolenia Rusznikarzy, Centrum Wyszkolenia Gołębi Meldunkowych.