Podczas obrony Warszawy we wrześniu 1939 roku do 22 września Niemcy powstrzymywali się przed bombardowaniami Cytadeli ze względu na umieszczenie w niej punktu zbornego dla jeńców niemieckich. Zniszczeniu uległ jednak kościół św. Jerzego (jego ruiny rozebrano w latach 60.).
W czasie powstania warszawskiego Cytadela blokowała połączenie zgrupowań AK na Żoliborzu i Starym Mieście.
Po 1945 W 1945 stała się siedzibą dowództwa Warszawskiego Okręgu Wojskowego. Obecnie duża część terenu Cytadeli w dalszym ciągu znajduje się w posiadaniu Wojska Polskiego. Mieszczą się tam Dowództwo Wojsk Lądowych i 3 batalion zabezpieczenia Dowództwa Wojsk Lądowych, w skład którego wchodzi Kompania Reprezentacyjna Wojsk Lądowych. W okresie powojennym wyburzono dwie z trzech kaponier twierdzy. W 1950 wokół kompleksu został urządzony park noszący pierwotnie nazwę parku im. Kniewskiego, Hibnera i Rutkowskiego (obecnie park Fosa i Stoki Cytadeli) wraz z pomnikiem-mauzoleum Władysława Hibnera, Władysława Kniewskiego i Henryka Rutkowskiego.
W 1965 roku zespół Cytadeli został wpisany do rejestru zabytków. Na jej terenie zachowało się pięć budynków wzniesionych na jej terenie przed budową twierdzy, m.in.