20 lipca Rapp groził zerwaniem rozejmu. Po długich sporach Rosjanie zgodzili się dostarczać żywność dla 25 tys. ludzi.
18 sierpnia Rosjanie ogłosili, że wznowią działania od 24 sierpnia.
Druga faza oblężenia 28 i 29 sierpnia rozpoczął się rosyjski szturm na dwie reduty w rejonie Oruni, w wyniku czego zadano ciężkie straty francuzom. Opanowana została Jaśkowa Dolina, pod miasto dotarła również niezbędna artyleria (120 ciężkich dział, 28 haubic i 66 moździerzy).
2 września wznowiono zaciekłe walki o Wrzeszcz. W rejonie dwóch blockhausów doszło do starcia z oddziałem Tatarów, próbujących odciąć drogę odwrotu trzem kolumnom piechoty francuskiej. Popalona została wieś Cygańska góra i Młyniska. Tego samego dnia rozpoczęło się 12 godzinne bombardowanie z morza Nowego Portu i Westerplatte. W jego wyniku eksplodował magazyn prochowy, ale umocnienia nie zostały uszkodzone na tyle by przeprowadzić desant. Straty poniesione przez flotę wynosiły jedną szalupę oraz 78 zabitych i 122 rannych. Następne bombardowania prowadzone przez flotę miały miejsce 16 i 25 września.
4 października na zabudowę miasta spadły pierwsze bomby i rakiety zapalające.