14 grudnia dotarł rozkaz cara Aleksandra I, który nakazywał księciu Wirtemberskiemu zakaz przyjmowania kapitulacji na innych warunkach niż niewola garnizonu. Sztab rosyjski po całodniowych naradach poprosił o potwierdzenie tego rozkazu. 18 grudnia otrzymał niezmienioną odpowiedź. Prawo opuszczenia twierdzy miały tylko wojska niemieckie. Postawiony w trudnej sytuacji, złamania danego słowa, książę Wirtemberski odmówił przyjęcia kluczy miasta i wyjaśnił sytuację gen. Rappowi.
Po kilkudniowych rozmowach w napiętej atmosferze, 29 grudnia gen. Rapp zgodził się na postawione przez cara warunki. Następnego dnia Rosjanie opanowali Wisłoujście, Ostrów z pozostałymi szańcami oraz bramy miejskie (Oruńską, Nowych Ogrodów i Oliwską).
Do niewoli trafiło 16 generałów, 103 oficerów sztabowych, 873 oficerów niższego szczebla, 15 970 podoficerów i żołnierzy oraz 60 cywilnych funkcjonariuszy. Kolumna z jeńcami wymaszerowała z miasta 2 stycznia kierując się na Kijów i dalej Czernihów. W mieście pozostało blisko 1800 jeńców w lazaretach.
W wyniku oblężenia na przedmieściach miasta zostało zniszczonych ponad 1400 budynków. W samym mieście zagładzie uległo 112 domów i 197 spichlerzy.