W latach nieobecności franciszkanów proboszczowie Walenty i Paweł Chądzyńscy, Feliks Chylewski czy Józef Kurzawski troszczyli się o kalwaryjskie kaplice. Również świeckie osoby dbały o konserwację miejsc kultu.
Franciszkanie powrócili do Pakości 9 września 1931. Byli to zakonnicy z Prowincji Niepokalanego Poczęcia NMP w Prusach i w Wielkim Księstwie Poznańskim (obecnie Prowincja Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny Zakonu Braci Mniejszych w Katowicach). Prymas August Hlond pozwolił na zatrzymanie się w dawnym domu kwestarzy przy Kościele Ukrzyżowania. Przekazanie kalwarii − Traditio Calvariae − miało miejsce 20 września 1932. Na przełomie 1933−1934 celebrowano w Kościele katolickim rok jubileuszowy, kalwaria pakoska była ustanowiona jednym z kościołów jubileuszowych. W czasie II wojny światowej charakter sakralny zachowała jedynie kaplica Grobu Pańskiego. Po wywiezieniu do obozu koncentracyjnego o. Ireneusza Tymy OFM część kaplic zamieniono na magazyny. Kolejny raz franciszkanie powrócili do Pakości 21 maja 1945 − o. Henryk Kania OFM. Dopiero 8 czerwca 1971 prymas Stefan Wyszyński zezwolił braciom mniejszym na powrót do Klasztoru św. Bonawentury, który był ich pierwotną placówką w Pakości. Od 1980 franciszkanie opiekują się także parafią pakoską. W 1991 powstała nowa prowincja zakonna św.