Franciszka z Asyżu z siedzibą prowincjała w Poznaniu. Opiekę nad kalwarią i klasztorem pakoskim sprawują obecnie zakonnicy z tej prowincji. W 2000 kalwaria ustanowiona została sanktuarium dekretem ówczesnego abpa gnieźnieńskiego Henryka Muszyńskiego. Obecnie od 2018 r., decyzją abpa Archidiecezji Gnieźnieńskiej Wojciecha Polaka, Prymasa Polski Kalwaria Pakoska została Archidiecezjalnym Sanktuarium Męki Pańskiej.
Na terenie kalwarii istnieją dwie parafie prowadzone przez franciszkanów: Parafia Pana Jezusa Ukrzyżowanego i Matki Bożej Bolesnej w Pakości-Kalwaria i Parafia św. Bonawentury w Pakości.
Stacje kalwaryjskie thumb|Plan Kalwarii Pakoskiej, 2011 Założenie topograficzne Kalwarii Pakoskiej w sposób pośredni opiera się na topografii Miejsc świętych w Jerozolimie (usytuowanie ostatnich stacji Drogi Krzyżowej na wzniesieniu, most na Cedronie itp.). Na kalwarię składa się 26 stacji, w tym dwa kościoły − klasztorny św.