Nagrania zostały zarejestrowane w praskim domu kultury 17 listopada 1988 roku. Z końcem roku skład opuścił Odehnal, którego zastąpił Petr "Mr. Cross" Kříž. Na początku 1989 roku ukazało się trzecie demo Root pt. Messengers from Darkness. Był to ostatni materiał z Walterem jako perkusistą, który przejął obowiązki Krčmářa. Nowym perkusistą został Rostislav "Black Drum" Mozga, natomiast Kříža zastąpił Petr "Mr. Death" Pálenský. W odnowionym składzie powstało demo pt. The Trial (1989). Z końcem 1989 formację opuścił Pálenský, którego zastąpił Dan "Mr. D.A.N." Janáček.
W 1990 roku muzycy samodzielnie wydali singel pt. 7 černých jezdců / 666. Tego samego roku nakładem wytwórni Zeras ukazał się debiutancki album Root zatytułowany Zjevení. W ramach promocji muzycy zrealizowali teledysk do utworu "Hrbitov", który jednakże nie znalazł się na debiucie. W 1991 roku ukazał się drugi album pt. Hell Symphony. Był to pierwszy album z tekstami w języku angielskim, a także ostatni materiał z Mozgą w składzie. Rok później skład uzupełnił perkusista Rene "Evil" Kostelnak. Trzecia płyta zespołu zatytułowana The Temple in the Underworld ukazała się w 1992 roku nakładem firmy Monitor. Nagrania były promowane teledyskiem do utworu "Aposiopesis". W 1996 roku nakładem Black Hole został wydany czwarty album Root pt. Kärgeräs.