Nagrana w trzyosobowym składzie płyta była pierwszym albumem koncepcyjnym w historii działalności Root. W 1999 roku ukazał się piąty album formacji zatytułowany The Book. Rok później skład uzupełnił basista Igor Hubík.
W 2001 roku została wydana szósta płyta Root pt. Black Seal. Siódmy album grupy pt. Madness of the Graves ukazał się w 2003 roku. Również w 2003 roku nakładem AJNA Offensive ukazał się split Root z grupą Atomizer oraz kompilacja pt. Dema. Rok później ukazało się pierwsze DVD kwintetu pt. Hell Tour 2004 oraz kaseta VHS pt. The Devil's Diary. Również w 2004 roku skład opuścił wieloletni gitarzysta Hošek. W 2005 roku został wydany pierwszy album koncertowy grupy pt. Capturing Sweden - Live in Falkenberg. Na początku 2006 roku do składu dołączył gitarzysta Aleš "Poison" Jedonek. W 2006 roku ukazał się pierwszy minialbum Root pt. Casilda. Również w 2006 roku ukazało się drugie DVD formacji pt. Deep in Root. W 2007 roku grupa wydała ósmy album studyjny zatytułowany Daemon Viam Invenient, promowane teledyskiem do utworu "Sonata of the Chosen Ones". Po nagraniach skład opuścił Jedonek. W 2008 roku funkcję perkusisty objął Marek "Deadly" Fryčák. Z kolei Kostelnak został gitarzystą. Jiří "Big Boss" Walter i Igor Hubík wystąpili gościnnie na minialbumie zespołu Behemoth pt. Ezkaton (2008).