W Shimabarze wzniósł Shigemasa Matsukura nowy zamek, obciążając przy tym ludzi ze swojego nowego lenna większymi podatkami; wkrótce potem zaczął represjonować chrześcijan. Z dotychczasowej polityki nie zrezygnował także spadkobierca Shigemasy, Katsuie.
Mieszkańcy wysp Amakusa, które były dawniej częścią lenna Yukinagi Konishiego, doświadczyli podobnych prześladowań z rąk rodziny Terasawa, która tak samo jak rodzina Matsukura została przeniesiona do nowego lenna.
Przebieg thumb|Mapa bitwy Shimabara Początek thumb|240px|Buddyjskie posągi przedstawiające bosatsu (bodhisattwę) Jizō, pozbawione głów przez zbuntowanych chrześcijan Niezadowoleni z panującej sytuacji rōninowie z regionu Shimabara, podobnie jak chłopi, zaczęli spotykać się w tajemnicy i planować powstanie. Rozruchy zaczęły się jesienią 1637 roku, kiedy zamordowano lokalnego zarządcę (daikan), Hyōzaemona Hayashiego. W tym samym czasie rozpoczął się także bunt na wyspach Amakusa. Siły powstańców szybko się zwiększyły, gdyż zmuszali oni mieszkańców zdobytych ziem do przyłączenia się do walki.