Końcowa faza powstania Podczas prób zajęcia twierdzy zginął Shigemasa Itakura. Wkrótce potem na pole bitwy przybyło więcej oddziałów siogunatu dowodzonych przez Nobutsunę Matsudairę, który zastąpił Itakurę. Jednakże buntownicy broniący zamku Hara przez kilka miesięcy skutecznie odpierali ataki, zadając przy tym spore straty wojskom siogunatu. Szczególnie trudne były dla obu stron walki w okresie zimowym. 3 lutego 1638 roku buntownicy dokonali najazdu na przeciwnika, zabijając przy tym 2 tys. żołnierzy z lenna Hizen. Akcja nie przyniosła jednak żadnych większych korzyści, a powstańcom powoli zaczęły wyczerpywać się zgromadzone zapasy jedzenia i amunicji.
Do ostatecznych starć pomiędzy buntownikami a wojskami siogunatu doszło w kwietniu 1638 roku. 4 kwietnia zdesperowani powstańcy przypuścili szturm na wojska oblężnicze, lecz akcja nie powiodła się. Szturmowcy, którzy przeżyli i zostali pojmani, ujawnili, że w fortecy brakuje jedzenia i prochu.
12 kwietnia 1638 roku oddziały klanu Kuroda z Hizen dokonały szturmu na twierdzę i zajęły zewnętrzne fortyfikacje.