Buntownicy bronili się, zadając przy tym dużo strat, jednak 15 kwietnia zostali ostatecznie rozbici.
Wojska Powstanie na półwyspie Shimabara było pierwszym od czasu oblężenia Osaki (1614–1615) tak dużym buntem, do którego stłumienia siogunat musiał wystawić armię złożoną z oddziałów pochodzących z różnych lenn. Pierwszy głównodowodzący, Shigemasa Itakura, miał 800 osób bezpośrednio pod swoim dowództwem; jego następca, Nobutsuna Matsudaira, dysponował 1,5 tys. osób. Zastępca głównodowodzącego, Ujikane Toda, posiadał oddziały liczące w sumie ok. 2,5 tys. ludzi. W walkach brało też udział 2,5 tys. samurajów z lenna Shimabara. Większość ludzi w armii siogunatu pochodziła z lenna Shimabara i lenn sąsiednich. Największe, liczące 35 tys. ludzi, oddziały przybyły z lenna Saga i dowodził nimi Katsushige Nabeshima. Duże siły pochodziły także z lenn Kumamoto i Fukuoka;