W okresie ludobójczych działań ustaszów przeciwko Serbom, na wieść o masakrze w Glina Stepinac, 14 maja 1941 roku wysłał list do Ante Pavelicia, przywódcy ustaszy i poglavnika Niepodległego Państwa Chorwackiego (NDH), w którym wyraził nadzieję, że na całym terytorium Chorwacji nie zostanie zabity ani jeden Serb, jeśli nie udowodni mu się winy w sprawiedliwym procesieRebelya: Abp Stepinac. Faszysta? Męczennik? „Chorwacki Wyszyński”? Rozmowa z Jakubem Kumochem. Natomiast w liście z 21 lipca napisał do Pavelicia: „Przekonany jestem, że dzieje się tak poza Pańską wiedzą”. Kiedy 12 października 1941 roku ustasze zburzyli synagogę w Zagrzebiu arcybiskup Stepinac publicznie potępiając ten czyn, powiedział: „Dom Boży jakiejkolwiek wiary jest świętym miejscem…”.
Również w kazaniach Stepinaca głoszonych po 1942 roku zaczęły pojawiać się protesty przeciwko drastycznym metodom, stosowanym przez ustaszów wobec Serbów, zwłaszcza jeśli te metody były niezgodne z kościelną doktryną. Arcybiskup podawał w wątpliwość szczerość masowych nawróceń, dokonywanych pod lufami karabinów. Później osobiście angażował się w ochronę prawosławnych i ŻydówRichard Patee, The Case of Cardinal Archbishop Stepinac, Bruce 1953, p. 306., co skłoniło Pavelicia do wysłania tajnej noty do Watykanu z prośbą o usunięcie Stepinaca z urzędu.