Poglavnik nie stracił jednak całkowicie zaufania do arcybiskupa, bo kiedy w 1945 roku uciekał z kraju, zaproponował duchownemu, by stanął na czele rządu tymczasowego. Stepinac odmówił, ale przyjął depozyt władz NDH – archiwa i część zarekwirowanych kosztownościVladimir Dedijer, The Yugoslav Auschwitz and the Vatican, Prometheus Books 1992, s. 415–418..
Francis D'Arcy, brytyjski minister przy Stolicy Apostolskiej w latach wojny, napisał, że od 1942 roku arcybiskup stał się „surowym krytykiem” nazizmu i stwierdził, że obalił on teorię nazistowską, przytaczając jego słowa:
Stepinac pisał też do Pavelicia 24 lutego 1943 roku:
Również z 1943 roku pochodzą te słowa:
Później Stepinac wezwał urzędników państwowych, aby powstrzymali się od prześladowania Żydów, jak i kogokolwiek innego. Stepinac zaapelował do księży prawosławnych, by przechodzili na czas niebezpieczeństwa i bezpośredniego zagrożenia życia do Kościoła katolickiego, a po minięciu niebezpieczeństwa powrócili na łono Kościoła prawosławnego.