W pierwszej trójce znalazł się pięć razy.
Pomimo dobrych rezultatów, Amerykanin nie znalazł stałej posady na sezon 1993. Powrócił więc do ćwierćlitrówek, w których brał udział na motocyklu Suzuki. Pod koniec sezonu Amerykanin powrócił do najwyższej kategorii, związując się z zespołem Cagiva. W ciągu czterech wyścigów, John zaprezentował mocne osiągi, potwierdzając je triumfem na amerykańskim torze Laguna Seca.
Dobre wyniki zaowocowały podpisaniem kontraktu na pełny etat w sezonie 1994. Rywalizację rozpoczął od pole position i zwycięstwa na torze w Australii. Z pierwszego rzędu startował również w Malezji. W wyścigu jednak musiał uznać wyższość Australijczyka Micka Doohana. Amerykanin w dalszej części zmagań nie prezentował tak równej formy i po rundzie w Japonii stracił prowadzenie w mistrzostwach. W sytuacji, kiedy środkową część sezonu zdominował Doohan, Johnowi pozostała walka o wicemistrzostwo świata z Włochem Lucą Cadalorą. Ostatecznie przegrał ją zaledwie dwoma punktami. Był to jednak najlepszy sezon w karierze Kocinskiego w pięćsetkach, podczas którego siedmiokrotnie stawał na podium.