WSBK W 1996 roku Kocinski przeniósł się do mistrzostw świata Superbike'ów. Startując w zespole Ducati, już w pierwszej rundzie zdominował rywalizację, zwyciężając oba wyścigi na torze w San Marino. Amerykanin do końca sezonu liczył się w walce o tytuł mistrzowski, jednakże ostatecznie musiał uznać wyższość Australijczyka - Troya Corsera i Nowozelandczyka Aarona Slighta. Po dublet sięgnął jeszcze na torze w Indonezji, natomiast w USA wygrał pierwszy wyścig.
W sezonie 1997 John podpisał kontrakt z zespołem Honda. Amerykanin zdominował rywalizację, zwyciężając w dziewięciu wyścigach. Jako jedyny przekroczył granicę czterystu punktów, a w ciągu 24 wyścigów Kocinski nie ukończył zaledwie jednego, który kończył rywalizację na torze w Indonezji. Po osiągnięciu założonego celu, postanowił wrócić do wyścigów Grand Prix.