500 cm³ (2. część) Po dwóch latach przerwy, Kocinski po raz drugi w karierze wrócił do rywalizacji w najważniejszej serii wyścigów motocyklowych. Tym razem jednak nie był to udany powrót. W trakcie startów z ekipą Pons Racing, na motocyklu Honda, John ani razu nie stanął na podium, najlepszy wynik osiągając w GP Francji, gdzie zajął czwartą pozycję. Podczas GP Madrytu Kocinski doznał poważnej kontuzji, która wykluczyła z trzech kolejnych wyścigów. Skromny dorobek punktowy pozwolił Amerykaninowi zająć w końcowej klasyfikacji 12. lokatę.
Sezon 1999 był ostatnim dla Kocinskiego w serii. Reprezentując ekipę Kanemoto-Honda, zmagania rozpoczął obiecująco, od zdobycia pole position przed GP Malezji. Wyścigu jednak nie udało mu się ukończyć. Dalsza część rywalizacji nie spełniła oczekiwań Johna, który jedyne podium odniósł na francuskim obiekcie Le Castellet.
Koniec kariery W roku 2000 ścigał się w Amerykańskich Superbike'ach. Ostatecznie zmagania zakończył na 7. miejscu. Ostatnie dwa lata spędził na testowaniu i rozwoju maszyn marki Yamaha. Ostatecznie po sezonie 2002 postanowił zakończyć karierę sportową.