Drugi rok startów był najlepszy w wykonaniu Itō. W trakcie sezonu trzykrotnie meldował się na podium, a najsłabszą pozycję uzyskał w GP Wielkiej Brytanii, gdzie był dziewiąty. Pomimo wyraźnie większego dorobku punktowego, ponownie został sklasyfikowany na 7. pozycji.
W sezonie 1995 Japończyk dwukrotnie znalazł się w pierwszej trójce, podczas GP Niemiec i Europy. W wyścigu o GP Japonii Itō wykorzystał swoje doświadczenie z częstych startów na Suzuce i w deszczowych warunkach wyszedł na prowadzenie. Szansę zwycięstwo zaprzepaściła jednak kraksa na jednym z zakrętów. Był to jedyny wyścig, którego Shin’ichi nie ukończył. Reprezentant kraju kwitnącej wiśni zakończył zmagania na 5. miejscu, pomimo mniejszej ilości punktów w stosunku do poprzedniego sezonu.
Rok 1996 był ostatnim dla Itō w pełnym wymiarze. Zespół znając umiejętności Japończyka w kwestii rozwoju motocykli, dostarczył mu maszynę o silniku V2, oznaczony nazwą „NRS500V”. Był to zdecydowanie najsłabszy sezon dla Itō w zespole Hondy, który najlepszą lokatę uzyskał podczas GP Katalonii, gdzie był szósty. Skromny dorobek punktowy pozwolił mu zająć 12. miejsce w końcowej klasyfikacji.