W sezonie 1997 Japończyk na stałe powrócił do japońskich wyścigów Superbike. W 1998 roku po raz drugi został mistrzem kategorii 500 cm³. W latach 1997–1998 Shin’ichi zwyciężył w prestiżowym 8-godzinnym wyścigu „Suzuka 8h”, wraz z Tohru Ukawą. W 1998 po raz pierwszy sięgnął po pole position. Sukces powtórzył również rok później, jednakże po 146 okrążeniach musiał wycofać się z rywalizacji.
W roku 1999 wziął udział w GP Japonii. Rywalizację ukończył na siódmym miejscu.
Sezon 2000 to praca w zespole Kanemoto-Honda, w którym pracował jako tester opon Bridgestone. Dwa lata później, w nagrodę za swoją pracę, Shin’ichi dostał szansę udziału w inauguracyjnej rundzie na torze Suzuka, w zespole Repsol Honda. Na znakomicie znanym dla siebie obiekcie Itō fantastycznie spisał się w kwalifikacjach, tracąc do zdobywcy pole position Valentino Rossiiego 0,3 sekundy. W wyścigu również spisał się dobrze, kończąc go na czwartym miejscu. Od ekipy Kanemoto otrzymał szansę udziału w kończącym cykl GP Australii. Nie udało mu jednak dojechać do mety.