Mordów dokonywała zazwyczaj taka sama grupa katów, która liczyła od 30 do 100 SS-manów i policjantów dowodzonych przez zastępcę komendanta obozu – Ridera (Riedera). Masowe mogiły, których długość sięgała 60 metrów, a głębokość 3 metrów, były wykopywane i zapełniane przez więźniów z Sonderkommando. Po zasypaniu groby niwelowano za pomocą traktorów. Nadzór nad akcją eksterminacyjną sprawował komendant SD i policji bezpieczeństwa (KdS) z Mińska.
Począwszy od czerwca 1942 w ramach akcji eksterminacyjnej prowadzonej w Małym Trościeńcu Niemcy wykorzystywali również ruchome komory gazowe. Zazwyczaj jeszcze na mińskim dworcu umieszczano część przywiezionych Żydów w specjalnych ciężarówkach i gazowano spalinami w drodze do Małego Trościeńca. Następnie w lasach Błagowszczyzna i Szyszkowka więźniowie z Sonderkommando opróżniali ciężarówki, wrzucając ciała do przygotowanych wcześniej masowych grobów. W maju 1943 gazowano w ten sposób nawet do 500 ludzi dziennie. Ruchome komory gazowe pełniły jednak zasadniczo funkcję pomocniczą, gdyż większość Żydów przywożonych do Małego Trościeńca była rozstrzeliwana w pobliskich lasach.