Jeszcze na dworcu Niemcy odbierali wszystkim przywiezionym bagaże, dokumenty, pieniądze oraz cenne przedmioty osobiste, łudząc ich jednocześnie, że przedmioty te zostaną im oddane w niedługim czasie. Następnie ładowano Żydów na samochody ciężarowe i wywożono w kierunku Małego Trościeńca. Począwszy od sierpnia 1942 pociągi przywożące skazanych na zagładę Żydów zatrzymywały się na prowizorycznej, zakończonej ślepym torem, stacyjce kolejowej, którą zbudowano bezpośrednio na terenie obozu – wyłącznie celem usprawnienia akcji eksterminacyjnej.
W Małym Trościeńcu – w przeciwieństwie do pozostałych niemieckich obozów zagłady – nie wybudowano stałych instalacji służących natychmiastowemu uśmiercaniu ludzi. Zamiast tego Żydów przywożono zazwyczaj na pobliskie uroczyska Błagowszczyzna i Szyszkowka (ros. Błagowszczina i Szaszkowka) i tam rozstrzeliwano. Przed uśmierceniem ofiary zmuszano, by rozebrały się do naga. Następnie Żydów prowadzono nad przygotowane uprzednio groby i mordowano strzałem w tył głowy. Cała ludobójcza „procedura” była starannie przygotowana oraz przeprowadzana z maksymalną szybkością i brutalnością – tak aby sterroryzowane ofiary nie były w stanie stawić żadnego oporu. Celem zagłuszenia strzałów i krzyków Niemcy puszczali w trakcie egzekucji muzykę z gramofonu, wzmocnioną w dodatku przez głośniki.