21 sierpnia 1989 r. linia 1 została podzielona na linie 1 i . Niektóre stacje na północ od 137th Street – City College były w godzinach 6:30-19:00 były „przeskakiwane” (ang. skip-stop). Linia 1 przeskakiwała stacje: Marble Hill – 225th Street, 207th Street, 191st Street i 145th Street, natomiast przeskakiwała: 238th Street, 215th Street, Dyckman Street i 157th Street. W 1994 roku zawieszono przeskakiwanie stacji. Zaprzestano także omijania stacji 191st Street.
Po atakach na World Trade Center z 11 września 2001r., linia 1 musiała zostać wycofana ze swojego południowego odcinka (poniżej stacji 14th Street), ponieważ jej trasa przebiegała bezpośrednio pod zawalonymi wieżami WTC. i „przeskakiwanie stacji” zostały zawieszone. W zamian za wycofanie z lokalnego tunelu pojechała nim linia 3. 19 września nastąpiła zmiana tras: linia 1 powróciła do lokalnego tunelu pod Środkowym Manhattanem oraz została wydłużona do New Lots Avenue po trasie, którą dotychczas jeździła linia 3, ta w zamian została skrócona do 14th Street (w nocy 1 jeździła tylko do Chambers Street).