Do roku 1784 kamienica zamieszkiwana była przez rektorów kolonii akademickiej, po czym dom i inne budynki dawnej kolonii zostały zajęte przez nowo sformowaną szkołę austriacką i przeznaczony na mieszkanie prefekta (dyrektora), co jednak nie mogło dojść do skutku, gdyż mieszkali tam wówczas księża.
W 1791 roku kamienica jako własność kościelna została zarekwirowana na rzecz Funduszu Religijnego. Kilka lat później, w oszacowaniu z 1795 roku, stwierdzono, że budynek jest w dobrym stanie. mały|lewo|Izba na piętrze z zachowanymi pozostałościami XVI-wiecznych polichromii W 1810 roku, na wniosek dyrektora gimnazjum, budynek został poddany częściowej przebudowie: zburzono jego południową ścianę w celu połączenia go z sąsiednią akademiolą. W ramach prac budowlanych obie budowle zostały także nakryte wspólnym dachem. Po połączeniu budynków, w okresie od lat 1814–1817 do roku 1856, dom Mikołajowski zamieszkiwali dyrektorzy gimnazjum, zajmując jego północne i środkowe pomieszczenia. Ponadto, od co najmniej 1818 do 1880 roku (a właściwie od niepamiętnych czasów), dzięki wybiciu drzwi w zachodniej (tylnej) ścianie budynku, funkcjonowało przejście łączce Starówkę w obrębie dawnych murów miejskich z ulicą Wałową.