W XIX wieku w domu miały siedzibę różne instytucje szkolne, w tym szkoła główna oraz żeńska, gimnazjum czy kurs nauczycielski. W 1896 roku budynek przestała użytkować szkoła męska. W jej miejscu, zarządzeniem rady miejskiej, w roku 1897 tymczasowo umieszczono szkołę realną. Ponadto część pomieszczeń przeznaczono także dla żeńskiej szkoły wydziałowej, istniejącej w tym miejscu do 1903 roku. mały|lewo|Sień wejściowa kamienicy. Po lewej widoczne stopnie prowadzące do kręconej klatki schodowej, po prawej znajduje się zejście do piwnic Na początku XX wieku dom Mikołajowski, wraz z sąsiednimi, połączonymi z nim budynkami, należał wspólnie do gminy miasta Tarnowa, Funduszu Szkolnego Krajowego oraz Funduszu Naukowego. Planowano wówczas jego przebudowę, jednakże plany te upadły w 1903 roku, kiedy władze miejskie uznały będącą w stanie kompletnej ruiny kamienicę za ruderę. W 1904 roku przestały ją użytkować wszystkie szkoły, i od tego czasu wykorzystywano ją w celach mieszkalnych, bądź, jak podają inne źródła, nie użytkowano jej wcale. Ze względu na zły stan techniczny rozważano rozbiórkę budynku, jednak m.in. dzięki interwencji Franciszka Ferdynanda Habsburga i decyzji Komisji dla Zachowania Zabytków Sztuki, do wyburzenia nie doszło.