Rok 1999 był najlepszym w karierze Regisa, podczas startów w tej serii. Nie ukończył wprawdzie czterech wyścigów, ale osiągnął historyczny sukces, w postaci zwycięstwa w GP Walencji. Jego triumf był tym cenniejszy, iż dzień wcześniej zdobył pole position, a w samą niedzielę był po prostu najszybszy. W kolejnej rundzie, o GP Australii, po raz drugi stanął na podium, tym razem zajmując trzecią lokatę. Przekroczył granicę stu punktów, plasując się ostatecznie na 11. pozycji.
Sezon 2000 był ostatnim rokiem współpracy z ekipą Red Bull Yamaha WCM. W przeciwieństwie do zespołowego partnera Garry'ego McCoya, Laconi nie radził sobie tak dobrze z motocyklem, który miał skłonności do poślizgowej jazdy, jaką preferował Australijczyk. W konsekwencji Regis prezentował wyraźnie słabsza dyspozycję, ani razu nie stając na podium (dla porównania McCoy był w stanie wygrać trzy wyścigi). Francuz ukończył jednak wszystkie rundy, na najlepszej zajmując piątą pozycję w GP Portugalii (Garry w tym wyścigu był pierwszy). Dzięki równej formie Francuz uzyskał najwyższa w karierze pulę punktów, wynoszącą 106 "oczek". Dorobek ten zapewnił mu 12. lokatę w końcowej klasyfikacji.