W roku 2002 Regis powrócił do MMŚ, które przekształciły się w kategorię MotoGP, po zmianie pojemności motocykli na 990 cm³. Francuz po udanym sezonie w World Superbike, awansował z włoską stajnią Aprilia, która postanowiła zadebiutować w wyścigach Grand Prix. Powrót na nowej maszynie okazał się udany dla Laconiego, który podczas inauguracyjnego GP Japonii zajął przyzwoite ósme miejsce. Była to jednak najlepsza uzyskana przez niego pozycja, którą powtórzył jeszcze na włoskim torze Mugello. Począwszy od GP Holandii, Regis tylko w jednym wyścigu dojechał na punktowanej lokacie, plasując się na jedenastej pozycji w GP Pacyfiku. Skromny dorobek punktowy sklasyfikował go ex aequo na 19. miejscu ze swoim byłym partnerem McCoyem. Po tym sezonie powrócił do Superbike'ów.
WSBK W sezonie 2001 Francuz zadebiutował w mistrzostwach World Superbike, podpisując kontrakt z włoską ekipą Aprilii. Już w pierwszym wyścigu, na torze w Hiszpanii, Regis znalazł się na bardzo wysokiej czwartej pozycji. W dalszej części zmagań nie uzyskiwał tak dobrych lokat, najwyżej dojeżdżając podczas pierwszego wyścigu na Monzie, gdzie dojechał na piątym miejscu. Notowania Francuza wzrosły, kiedy to w kończącym sezon wyścigu na torze Imola, odniósł pierwsze zwycięstwo w karierze. Ostatecznie w klasyfikacji generalnej uplasował na 11.