W pierwszą podróż misyjną do Afryki Comboni wyruszył 8 września 1857. Towarzyszyli mu czterej inni kapłani związani ze szkołą ks. Mazzy: , , oraz . Do grupy misyjnej należał też kowal Isidoro Zilli. Po czteromiesięcznej podróży misjonarze dotarli do Chartumu, gdzie Dal Bosco pozostał jako prokurator misji. Pozostałych pięciu wyruszyło w dalszą drogę. 14 lutego 1858 znaleźli się w misji Santa Croce, gdzie pracowali przez około dwanaście miesięcy.
W 1859 Comboni wrócił do Włoch za względu na powtarzające się napady malarii. Przebywając w ojczyźnie rozpoczął pracę na rzecz misji afrykańskich, układając motto: O Nigrizia o morte! (wł. Albo Nigrizia albo śmierć!)W języku włoskim termin Nigrizia oznaczał tereny położone na południe od Sahary. Funkcjonuje do dzisiaj w języku włoskich misjonarzy katolickich.. W 1864 w Rzymie Comboni stworzył zarys wielkiego projektu misyjnego opartego na doświadczeniach zdobytych w Sudanie. W oparciu o idee ks. Mazzy – Zbawić Afrykę z Afryką!