– planował oprzeć się na ludach afrykańskich, tworząc dla nich szkoły, w których przygotowana miała być przyszła kadra nauczycielska, medyczna i zaplecze misjonarskie. Chciał również w miejscach z lepszym dla Europejczyków klimatem tworzyć szkoły misyjne dla przyszłych białych misjonarzy.
Na przełomie 1864 i 1865 Comboni podróżował po Europie szukając funduszy i wsparcia dla realizacji swoich planów. Środki finansowe znalazł m.in. w Kolonii. W czerwcu 1867 założył zgromadzenie zakonne Misjonarzy Kombonianów Serca Jezusowego. W 1872 powstała jego żeńska gałąź (wł. Suore Missionarie Pie Madri della Nigrizia). Wówczas powstało też czasopismo misyjne, które do dzisiaj wychodzi w języku włoskim – „Nigrizia”.
W czasie I soboru watykańskiego w 1870 Comboni zaprezentował petycję w sprawie ewangelizacji Afryki Centralnej, łac. Postulatum pro Nigris Africæ Centralis. Dwa lata później papież Pius IX postanowił powierzyć misję w Afryce Subsaharyjskiej zgromadzeniu kombonianów. Comboni został mianowany w 1877 biskupem i wikariuszem apostolskim Afryki Centralnej. Sakrę biskupią otrzymał 12 sierpnia 1877 z rąk kardynała Alessandra Franchiego. Współkonsekratorami byli późniejszy kardynał, sekretarz kongregacji ds. biskupów Angelo Bianchi i arcybiskup .