Rok 2002 był jeszcze lepszy w wykonaniu Neila (zespół Hodgsona istniał pod nazwą HM Plant). Nie wygrał wprawdzie żadnego wyścigu (sezon zdominowali Edwards i Bayliss), ale dziewięć razy mieścił się w pierwszej trójce, a najgorszą uzyskaną pozycją była ósma lokata w drugim wyścigu na Lausitzringu. Trzykrotnie startował również z pierwszej pozycji - na Monzie oraz ponownie w Brands Hatch i Oschersleben. Brytyjczyk przekroczył także granicę trzystu punktów, dzięki czemu w klasyfikacji końcowej uplasował się na 3. miejscu. Warto dodać, iż w latach 2001–2002 partnerował mu jego rodak James Toseland, który dwukrotnie przegrał z nim rywalizację wewnątrz-zespołową.
W roku 2003 Hodgson przeniósł się do ekipy Ducati Fila, w której partnerował mu Hiszpan Rubén Xaus. Brytyjczyk absolutnie zdominował początkową fazę sezonu, zwyciężając jedenaście z dwunastu rozegranych wyścigów (w pierwszym podejściu w Niemczech pokonał go jedynie były team-partner Toseland). Od rundy w San Marino sytuacja diametralnie się jednak zmieniła i to Neil był pozostawiany w przegranym polu przez Xausa. W pozostałych dwunastu wyścigach triumfował tylko dwukrotnie, na torach w Holandii oraz Francji.