Jego przewaga w punktacji była jednak ogromna i na koniec wyniosła ponad sto punktów na Hiszpanem, dzięki czemu Brytyjczyk po raz pierwszy w karierze został mistrzem świata. W trakcie sezonu sześciokrotnie startował z pole position, dziesięciokrotnie odnotował najszybsze okrążenie oraz dwadzieścia razy stawał na podium. Po zakończeniu rywalizacji Neil przeszedł do MMŚ i już więcej nie pojawił się w WSBK.
BSB W sezonie 1999 Hodgson rozpoczął starty w brytyjskich mistrzostwach Superbike, w których reprezentował ekipię GSE Racing. Debiut w serii był bardzo udany dla Neila, który zmagania zakończył na 4. miejscu.
W drugim roku współpracy Brytyjczyk zacięcie walczył o tytuł mistrzowski ze swoim rodakiem Chrisem Walkerem. Najbardziej spektakularnym zwycięstwem Hodgsona był triumf z końca stawki na torze Oulton Park. Rywalizacja o mistrzostwo trwała do ostatniej rundy, na torze Donington Park, w której doszło do dramatycznej sytuacji, kiedy to silnik Suzuki Walkera odmówił posłuszeństwa. Dzięki temu Neil zdobył swoje pierwsze mistrzostwo w karierze, w sezonie, który został uznany za jeden z najbardziej emocjonujących w historii serii.