27 października 1940 doznał fatalnej kontuzji ręki podczas meczu CDKA - Spartak Moskwa: w odpowiedzi na podanie piłki z lewej pobiegł za nią, ale w tym czasie ktoś z obrońców złapał go za ramię - siła inercji była tak wielka, że ramię wyskoczyło ze stawu«Эх, дороги…». Skutki tego urazu Fiedotow odczuwał do końca życia. Od tamtego czasu grał z mocno nawijanym na rękę bandażem i próbował unikać kolizji. Jednak dzięki wielkiemu przyrodniemu talentu Grigorij Fiedotow i po zakończeniu wojny ojczyźnianej, dalej był jednym z najlepszych, występował przeważnie w roli dyrygenta, mimo tego, udało mu się zdobyć wiele goli.
W czasie wojny, jak większość graczy - oficerów, został wysłany do tyłu, był zaangażowany w ewakuacji innych obywateli, ochrony obiektów, itp. W 1943 roku zespół CDKA zebrał się ponownie i zaczął grać mecze z innymi klubami, a w 1945 roku wznowiono mistrzostwo ZSRR. Grigorij został wybrany kapitanem zespołu, a wraz z nim w ataku zaczął grać Wsiewołod Bobrow, razem stanowili główną siłę uderzeniową, która pomogła drużynie przez trzy kolejne lata zdobyć mistrzostwo i dwa razy Puchar ZSRR. W 1949 został najlepszym strzelcem zespołu i postanowił zakończyć swoją karierę piłkarską.