W 2003 roku, po odejściu do MMŚ Troya Baylissa, nowym partnerem zespołowym Hiszpana został Brytyjczyk Neil Hodgson. W pierwszych sześciu eliminacjach Hiszpan został zdominowany przez Hodgsona, który zwyciężył w jedenastu z dwunastu wyścigów. W tym czasie Xaus sześciokrotnie stanął na podium. Od rundy w San Marino sytuacja ta uległa jednak diametralnej zmianie i to Hiszpan okazywał się lepszym z dwójki kierowców Ducati Fila. W ciągu dwunastu wyścigów, dziewięciokrotnie dojeżdżał w pierwszej trójce, z czego aż siedmiokrotnie na najwyższym stopniu (pięciokrotnie uzyskał również najszybsze okrążenie). Na torze Imola po raz pierwszy w karierze sięgnął po pole position. Przewaga Brytyjczyka w punktacji nie był już jednak do odrobienia i ostatecznie wyniosła ponad sto punktów nad drugim Xausem. Po tym sezonie obaj zawodnicy awansował do najwyższej kategorii MMŚ – MotoGP.