Otrzymane artykuły są konwertowane przez XSLT do bardzo podobnego NLM Archiving and Interchange DTD. Proces ten może ujawnić błędy, które są zgłaszane do wydawcy do korekty. Grafika jest również konwertowana do standardowych formatów i rozmiarów. Oryginalne i przekonwertowane wersje są archiwizowane. Konwertowane są przenoszone do relacyjnej bazy danych wraz z towarzyszącymi plikami graficznymi, multimedialnymi lub innymi danych powiązanymi. Wielu wydawców dostarcza również wersje PDF swoich artykułów, które są udostępniane bez zmianNLM Journal Archiving and Interchange Tag Suite, National Center for Biotechnical Information, National Library of Medicine. Zdeponowane artykuły otrzymują swój unikalny identyfikator PMCID.
Przypisy i bibliografie są przetwarzane i automatycznie łączone z odpowiadającymi im streszczeniami w PubMed, artykułami w PubMed Central i zasobami na stronach internetowych wydawców. Linki z PubMed również prowadzą do PubMed Central. Odniesienia do czasopism lub do poszczególnych artykułów, które nie są jeszcze dostępne w żadnym z tych źródeł, są śledzone w bazie danych i automatycznie uaktywniane, kiedy tylko staną się dostępne.