Wewnętrzny system indeksowania zapewnia możliwość wyszukiwania i potrafi obsługiwać terminologię biologiczną i medyczną, jak np. nazwy systematyczne i nazwy własne leków oraz alternatywne nazwy dla organizmów, chorób i struktur anatomicznych.
Gdy użytkownik uzyskuje dostęp do czasopisma, automatycznie generowany jest spis treści, pobierając wszystkie artykuły, listy itp. dla tego wydania. Kiedy jakaś zawartość zostaje wybrana (np. artykuł), to PubMed Central konwertuje znaczniki NLM do HTML i dostarcza linki do powiązanych danych. Jest to możliwe, ponieważ każde nowe dane są zawsze uprzednio konwertowane do standardowych DTD i formatów graficznych.
Z innej drogi publikacji w PubMed Central mogą skorzystać autorzy badań finansowanych przez NIH, posługując się tzw. NIH Manuscript Submission (NIHMS). Tak przedłożone artykuły zazwyczaj przechodzą przez etap znaczników XML w celu konwersji do NLM DTD.
Odbiór w społeczeństwie Badania Antelmana nt. publikacji z otwartym dostępem wykazały, że w filozofii, naukach politycznych, elektryce, elektronice i matematyce dokumenty ze swobodnym dostępem mają większy wpływ badawczy and summarized by C&RL News.