Najwybitniejszym uczonym przedrozbiorowej Bydgoszczy był bernardyn Bartłomiej – autor pierwszego słownika łacińsko-polskiego.
Okres pruski (1772-1920) Bydgoszcz pojawiła się po raz pierwszy w kontekście szkolnictwa wyższego w końcu XVIII wieku, kiedy władze pruskie rozważały utworzenie uczelni akademickich wraz z katedrami teologii w celu stworzenia przeciwwagi wobec biskupich seminariów duchownych. Wskazywano na Akademię Leopoldina we Wrocławiu, Chełmno, Królewiec, Toruń, Frankfurt nad Odrą oraz Bydgoszcz. W tym przypadku szło o przekształcenie Kolegium Jezuickiego w akademię. Realizację tego projektu przerwały: insurekcja kościuszkowska, a potem kampania napoleońska, w rezultacie której miasto w latach 1807–1815 znalazło się w granicach Księstwa Warszawskiego jako stolica departamentuPastuszewski Stefan: Z historii starań o uniwersytet w Bydgoszczy. [w.] Kronika Bydgoska XV (1993). Bydgoszcz 1994..