W okresie międzywojennym na terenie II Rzeczypospolitej mieszkało kilkadziesiąt tysięcy wiernych wyznania nowoapostolskiego, głównie pochodzenia niemieckiego.
Po II wojnie światowej Kościół Nowoapostolski kontynuował swoją działalność w Polskiej Rzeczypospolitej Ludowej. W wyniku zmian granic i przesiedleń ludności utracił znaczną liczbę wiernych. Stracił również uznanie prawne. Władze tolerowały co prawda działalność wspólnoty w oparciu o prawo o stowarzyszeniach, ale traktowały wyznanie nowoapostolskie jako stowarzyszenie zwykłe. Nosiło ono początkowo nazwę Stowarzyszenie Nowoapostolskie, a od 1959 roku istniało ono pod nazwą Nowoapostolskie Stowarzyszenie Wyznaniowe w Polsce. Główne skupisko wiernych wyznania znajdowało się w tym czasie w okolicach: Giżycka, Mrągowa i Ostródy, gdzie mieszkało kilkanaście autochtonicznych rodzin mazurskich praktykujących tę wiarę oraz zachowała się trwała parafialna struktura Kościoła sprzed 1945 roku.
W 1983 roku na podstawie nowelizacji prawa o stowarzyszeniach Kościół uzyskał osobowość prawną i status stowarzyszenia rejestrowego.