W 1989 roku wystąpił o rejestrację prawną jako Kościół Nowoapostolski w Polsce w Ministerstwie Spraw Wewnętrznych, którą uzyskał w 1990 roku pod numerem 14.
Od 1990 roku Kościół Nowoapostolski w Polsce prowadzi starania o uregulowanie stosunku państwa polskiego do Kościoła w drodze odrębnej ustawy.
W latach 1989–2019 zwierzchnikiem Kościoła był bp Waldemar Starosta.
Charakterystyka i doktryna Kościół Nowoapostolski postrzega siebie jako kontynuację Kościoła pierwotnego. Jest wyznaniem trynitarnym. Uznaje Jezusa Chrystusa za Głowę Kościoła. Doktryna nowoapostolska oparta jest na Biblii. Kościół Nowoapostolski uznaje ponadto apokryfy będące uzupełnieniem Pisma Świętego, oraz przyjmuje przepowiednie wydarzeń eschatologicznych zawarte w proroctwach Apokalipsy.
Celem wiary dla wyznawców Kościoła Nowoapostolskiego jest osiągnięcie wiekuistej społeczności z Bogiem Ojcem i Synem Bożym. Bardzo ważne miejsce zajmuje wiara w paruzję Jezusa Chrystusa i nastanie Tysiącletniego Królestwa Bożego na Ziemi. Wierni wyznania nowoapostolskiego wierzą, że Jezus Chrystus przyjdzie na świat w sposób niewidzialny i nastąpi to w najbliższym czasie (millenaryzm). Powrót Mesjasza pozwoli na wskrzeszenie umarłych wiernych, którzy razem z żyjącymi wiernymi udadzą się na ucztę.