Jesienią 1937 roku bracia zakonni i świeccy wolontariusze kontynuowali prace nad remontem budynków w eremie i sprzątaniem kościoła. Zmieniono strzechę na ceramiczne okrycie dachów, dobudowano wieżyczkę nad bramą, wydrążono nową studnię oraz rozpoczęto stawianie murowanych eremów w miejsce rozsypujących się drewnianych chatek. W kościele odkurzono i odmalowano wnętrze, a także wymieniono zniszczoną ceglaną posadzkę. Pracę włożoną w odbudowę klasztoru podsumowuje list nuncjusza papieskiego Francesco Marmaggiego do o. Alojzego:
II wojna światowa Prace nad klasztorem przerwał wybuch II wojny światowej. Mimo opanowania przez III Rzeszę terenów Bieniszewa we wrześniu 1939 roku, erem początkowo zostawiono w spokoju, który utrzymał się do 26 sierpnia 1940 roku. Wówczas aresztowano ojców Alojzego, Krystyna, Floriana oraz Cherubina i przewieziono ich do obozu w Sachsenhausen. W podberlińskim obozie we wrześniu 1940 roku zmarł o. Krystyn. Pozostali aresztowani przewiezieni zostali do KL Dachau. Dwa lata od aresztowania, dnia 13 sierpnia 1942 zmarł o. Alojzy (nr obozowy 22477), a 25 września tego samego roku w ośrodku eutanazji w Hartheim zagazowano o. Cherubina (nr obozowy 22737). Jedynie o.