Ok. 1530 r. Portugalczycy rozpoczęli kolonizację tego regionu, dzieląc Brazylię na dziedziczne kapitanie. Wraz z Portugalczykami przybyli również jezuici, których zadaniem było wytyczanie granic nowo skolonizowanych ziem.
Ok. 1720 r. jezuita wzniósł kaplicę pod wezwaniem św. Michała Archanioła i nazwał całą osadę São Miguel da Barra do Rio de Contas. Osada uzyskała prawa miejskie 26 stycznia 1732 r., nadane jej przez Marię Athaíde e Castro, hrabinę Resende, donatariuszkę .
Z okresu kolonialnego pochodzą główne zabytki Itacaré: Casa dos Jesuitas (Dom Jezuitów) i kościół Igreja Matriz (1723 r.), wpisany na listę zabytków stanu Bahia przez IPAC (Instituto do Patrimônio Ambiental e Cultural da Bahia). W miasteczku zachowały się też kamienice kolonialne, w których mieszczą się dzisiaj pensjonaty i sklepy.
W czasach kolonialnych zdarzały się ataki Indian, więc jezuici wybudowali tunel, łączący kościół z Domem Jezuitów, przez który w razie napadu mogli wydostać się na zewnątrz zabudowań i schronić w lesie.
Gospodarka Do lat 70. XX wieku podstawą gospodarki Itacaré i całego regionu była uprawa kakao, jednak zaraza czarciej miotły (vassoura de bruxa) spowodowała znaczne straty w uprawach i gospodarka oparta na plantacjach kakao podupadła.