Na początku 1966 został odsunięty od prac poszukiwawczo-złożowych. Zajął się organizacją Pracowni Badań Tektonicznych w Instytucie Geologicznym, przemianowanej następnie w Samodzielny Zespół Badań Tektonicznych, którym kierował do 1972. Do głównych zagadnień tektonicznych, którymi się zajmował należy problem południowo-zachodniej granicy platformy prekambryjskiej i występowania wzdłuż niej pasma górskiego i deformacji kaledońskich. Wypowiadał się za występowaniem w tej strefie między morzem Północnym i Czarnym tzw. cirkumfennosarmackiej gałęzi orogenu kaledońskiego. Zajmował się także pozycją tektoniczną Górnośląskiego Zagłębia Węglowego i Gór Świętokrzyskich, a także znaczeniem tektonicznym strefy Teisseyre’a-Tornquista. Na przykładzie rozwoju tektonicznego Polski rozwinął też pogląd o obrastaniu starych bloków kontynentalnych przez coraz młodsze orogeny. Podsumowaniem jego poglądów stała się mapa tektoniczna Polski w skali 1:500 000.
W 1972 otrzymał tytuł profesora nadzwyczajnego, a w 1989 – profesora zwyczajnego.
W latach 1972–1980 był dyrektorem Zakładu (później Instytutu) Nauk Geologicznych Polskiej Akademii Nauk. W tym czasie był także konsultantem naukowym Instytutu Geologicznego w Warszawie. W 1976 został mianowany członkiem korespondentem Polskiej Akademii Nauk.