W nocy z 1 na 2 września 1939 roku sześć samolotów eskadry dostało polecenie udania się na małe lotnisko polowe we wsi Kobylepole (obecnie w granicach administracyjnych Poznania) w celu przygotowania zasadzki na nadlatujące samoloty niemieckie. Około godziny 11 w okolicy pojawił się bombowiec Dornier Do17F-2 wykonujący prawdopodobnie lot rozpoznawczy. Gedymin wystartował i dogonił Dorniera w Mieczewie koło Kórnika, gdzie po krótkiej walce samolot wroga został zestrzelony. Jeszcze tego samego dnia nastąpiła druga walka powietrzna, tym razem z samolotem rozpoznania meteorologicznego Heinkel He 111. Trafienie w zbiornik paliwa spowodowało pożar samolotu Luftwaffe, który rozbił się w okolicy wsi Złotkowo.
Ze względu na nacierające wojska niemieckie jednostka ppor. Gedymina została wycofana najpierw w okolice Kleczewa, a później na przedmieścia Koła. W dniu 6 września podczas lotu patrolowego na trasie Słupca – Kłodawa klucz dowodzony przez Gedymina napotkał lecące na wschód samoloty Heinkel 111. W krótkiej walce powietrznej Gedymin zestrzelił jeden z samolotów oraz, wspólnie z innym lotnikiem, drugi. Podczas dalszej walki został ciężko ranny w nogę, ale udało mu się wylądować na lotnisku w Krośniewicach. Został przewieziony do szpitala w Poznaniu, a następnie przeniesiony do szpitala w Warszawie.