Po zajęciu Warszawy przez Niemców ukrywał się pod przybranym nazwiskiem Bogdan Lepejko. Po kilku bezskutecznych próbach przedarcia się do Anglii podjął działalność konspiracyjną w ramach ZWZ a następnie AK. Przyjął pseudonim „Włodek” (później „Włodek I” i „Powała”) i pracował w Wydziale Lotniczym KG AK, gdzie zajmował się między innymi obsługą odbioru zrzutów alianckich.

Był oficerem startowym w dwóch operacjach Most II i Most III, polegających na przyjęciu, na improwizowanym lądowisku koło Tarnowa, samolotu Douglas C-47 Skytrain, który wiózł kurierów Rządu RP na uchodźstwie i zaopatrzenie dla AK, w drugą stronę zabierając kurierów i materiały wywiadowcze, między innymi części niemieckiego pocisku rakietowego V2. Podczas drugiej akcji, samolot ugrzązł na rozmiękłym po deszczu lądowisku i udało się go oswobodzić dzięki sprawnej organizacji i pomocy oddziału W. Gedymina, którego członkowie podkopali koła maszyny i podłożyli deski z rozebranej pobliskiej szopy, ułatwiając w ten sposób start.