Odmówił także złożenia mu przysięgi na wierność i nie zgadzał się, by sam Zygmunt III został carem rosyjskim. W rezultacie razem z pozostałymi posłami został uwięziony. Przetrzymywany na zamku w Malborku, miał możliwość prowadzenia korespondencji i podejmowania gości, dzięki czemu doskonale orientował się w bieżącej sytuacji w Rosji. Wrócił do kraju w 1619, na mocy wymiany jeńców po podpisaniu rozejmu w Dywilinie w grudniu 1618. Jeszcze w tym samym roku został wybrany na patriarchę moskiewskiego i całej Rusi.
Od swojego powrotu do Moskwy Filaret współrządził Rosją ze swoim synem, carem Michałem Romanowem, de facto samodzielnie nakreślając kierunki polityki wewnętrznej i zagranicznej Rosji. Uporządkował sytuację w państwie po okresie Wielkiej Smuty, reformując administrację, system podatkowy i wojsko, dążąc do odbudowy i wzmocnienia systemu carskiego absolutyzmu. Jako patriarcha moskiewski i całej Rusi działał na rzecz ujednolicenia używanych w liturgii Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego obrzędów, zainicjował przegląd ksiąg cerkiewnych i druk ich poprawionych wydań.