Pierwszym zwierzchnikiem nowo powołanego Kościoła został biskup Dosyteusz, który przyjął tytuł arcybiskupa ochrydzkiego i skopskiego, metropolity macedońskiego.
Dosyteusz przeprowadził reformę administracyjną Macedońskiego Kościoła Prawosławnego. Oprócz trzech już istniejących eparchii - skopijskiej, prespańskiej i bitolskiej oraz zletowskiej i strumickiej - utworzył eparchie debarsko-kiczewską, połosko-kumanowską, powardarską, strumicką, jak również dwie administratury diaspory: amerykańsko-kanadyjską i australijską. W 1967 otworzył seminarium duchowne w Skopju, a dziesięć lat później przyczynił się do utworzenia Wydziału Teologicznego im. Klemensa z Ochrydy na uniwersytecie w tym samym mieście. Starał się przeciwdziałać państwowej propagandzie antyreligijnej, regularnie odwiedzając różne parafie i klasztory w całej Macedonii. Szczególną uwagę zwracał na działalność wydawniczą, zainicjował druk rocznika „Kalendarz prawosławny” oraz pisma „Wesnik”. Pod jego patronatem kontynuowane były prace nad przekładem Biblii na język macedoński oraz opracowywaniem kolejnych prac teologicznych i z dziedziny historii Cerkwi. W 1963, po trzęsieniu ziemi w Skopju, wzniósł nową rezydencję miejscowych biskupów, rozpoczął również budowę katedralnego soboru św. Klemensa Ochrydzkiego.