W 1937 ogólna liczba parafii spada do 93, z czego 51 podlega Sergiuszowi, 31 odnowicielstwu, a 11 grigoriewcom.
W 1930 władze sowieckie zamykają, a następnie wysadzają w powietrze dwa główne sobory: św. Katarzyny i Objawienia Pańskiego. W czasie terroru z końca lat trzydziestych duchowieństwo różnych odłamów zostaje poddane masowym represjom. Rozstrzelano 7 biskupów, represjonowano 150 duchownych (z czego 93 rozstrzelano). Ogólnie w latach 1918–1944 aresztowano 340 duchownych, z czego 148 zostało rozstrzelanych. Po 1938 na terenie Uralu nie było żadnego biskupa, a wielu duchownych musiało rozpocząć zwykłą pracę zawodową. W latach 1937–1938 zamknięto co najmniej 53 obiekty sakralne, w 1939 – co najmniej 15, w 1940 – co najmniej 13, a w pierwszej połowie 1941 – co najmniej 15. Na przestrzeni kolejnych lat zamknięta została większość cerkwi na terenie eparchii, w samym tylko 1930 ponad 100 cerkwi. Ta fala prześladowań sprawiła, że w mieście SwierdłowskuW 1924 Jekaterynburg przemianowano na Swierdłowsk, a do dawnej nazwy powrócono w 1991. Zmianie uległa także nazwa eparchii. czynny pozostał jedynie cerkiew św. Jana Chrzciciela i cerkiew Wszystkich Świętych. Ta ostatnia zamknięta została w 1941 r., co pozostawiło miasto tylko z jedną świątynią, w której odbywały się – i do tego nieregularnie – nabożeństwa.