W 1941 cerkiew Wszystkich Świętych została zamknięta, co sprawiło, że czynna pozostała jedynie cerkiew św. Jana Chrzciciela. Wskutek wszystkich tych represji wymierzonych w prawosławne duchowieństwo i wiernych w ZSRR, w II połowie lat 30. XX wieku eparchia praktycznie przestała działać. Ostatnie czynne parafie podlegały bezpośrednio locum tenens Patriarchatu Moskiewskiego metropolicie Sergiuszowi.
Sytuacja poprawiła się nieznacznie po ataku Niemiec na ZSRR w 1941. W 1943 władze kościelne uzgodniły z władzami państwowymi możliwość otwarcia świątyń na terenie obwodu swierdłowskiego. Na 93 podania o wznowienie nabożeństw tylko 4 zostały rozpatrzone pozytywnie. W 1945 na terenie eparchii odbyło się 11 216 chrztów i 476 ślubów kościelnych, w 1946 – 15 047 chrztów i 1101 ślubów. W 1947 posługę pełniło 47 duchownych i 7 diakonów, w 1949 – 58 duchownych i 12 diakonów, a w 1958 liczba ta wynosiła 58 duchownych i 15 diakonów. Kolejne represje zaczęły się za rządów Nikity Chruszczowa. 16 cerkwi zostało zamkniętych w latach 1960–1962. Na terenie miasta Swierdłowska czynna była wówczas znów tylko jedna świątynia i stan ten miał się utrzymać aż do rozpadu Związku Radzieckiego. Pieriestrojka i przemiany jakie nastąpiły na przełomie lat osiemdziesiątych i dziewięćdziesiątych XX wieku doprowadziły do poprawy sytuacji duchowieństwa i wiernych.