Struktura Początkowo Instytut dzielił się na zakłady i laboratoria. W 1988 r. powstała struktura jednostopniowa, składająca się z zespołów naukowych i usługowych, powoływanych przez Dyrektora zgodnie z aktualnymi potrzebami Instytutu.

Obecnie Instytut dzieli się na zespoły, w tym naukowe, naukowo-usługowe i jeden usługowy. Są to:

Numer Zespół I Spektrometria mas II Stereokontrolowana synteza związków biologicznie aktywnych III Zastosowania chemii metaloorganicznej w syntezie organicznej IV Chemia sacharozy. Zastosowanie cukrów prostych jako chiralnych bloków budulcowych V Dynamika molekularna w spektroskopii NMR. Oddziaływania molekularne VII Praktyczna synteza organiczna. Chemia azotowych związków heterocyklicznych VIII Stereokontrolowana synteza organiczna i chemia supramolekularna IX Rozpoznanie molekularne X Barwniki funkcjonalne XII Krystalochemia organiczna.