W 1999 Reznor wydał dwupłytowy album The Fragile. Do nagrania muzyki używał, oprócz standardowych, instrumenty smyczkowe i strunowe takie jak skrzypce, kontrabas, wiolonczela, ukulele. Zespół wybrał się w trasę, za którą dostał nagrodę Rolling Stone – Best tour of the year 2000. W 2002 wyszły płyta CD oraz DVD And All That Could Have Been z zapisem 16 piosenek z trasy.
Niedawno Trent przeprowadził się ponownie do Los Angeles, gdzie nagrał album With Teeth, który wydał w 2005. Na płycie gościnnie wystąpił Dave Grohl w roli perkusisty. Promujący tę płytę singel "The Hand That Feeds" został nominowany w tym roku do nagrody Grammy w kategorii Best Hard Rock Performance. Drugi teledysk powstał dla piosenki "Only". Najnowszą piosenką Trenta Reznora jest "Non Entity", którą stworzył specjalnie dla ofiar huraganu Katrina i zagrał na żywo na koncercie The ReAct Katrina Benefit wraz ze starszą piosenką "Hurt".
W 2007 ukazał się album Year Zero. Tego samego roku Trent wydał płytę Y34RZ3R0R3M1X3D.
Kolejny album The Slip został wydany w 2008 roku i udostępniony w internecie za darmo.