Na 3 dni przed wejściem w życie rocznego rozkładu jazdy 2025/26, 11 grudnia 2025, RegioJet ogłosił, że nie uruchomi większości zapowiadanych par pociągów do Trójmiasta i Krakowa oraz nie uruchomi w ogóle połączeń do Poznania. Odwołanie pociągów, na które RegioJet sprzedał bilety pasażerom, zostało określone przez zarządcę infrastruktury (PKP PLK) jako „nieodpowiedzialne”. Nagłe odwołanie pociągów spowodowało chaos w rozkładzie jazdy i doprowadziło do sytuacji, w których niektóre pociągi pasażerskie niepotrzebnie oczekiwały na stacjach na wyprzedzenie przez nieistniejące pociągi RegioJet.
Zakończenie obsługi połączeń krajowych z dniem 4 maja 2026 9 kwietnia 2026 spółka ogłosiła, że od dnia 4 maja 2026 całkowicie zaprzestanie obsługi połączeń krajowych. Jako powód – swoim zdaniem – wskazała m.in. blokowanie infrastruktury, ograniczanie sprzedaży oraz drapieżną politykę cenową, przy czym niezależni eksperci jako główną przyczynę wskazują niewłaściwe przygotowanie do wejścia na rynek (brak zaplecza, brak pracowników), a samą organizację działań przewoźnika jako improwizację i działaniem na „łapu-capu”.