Również wiceminister infrastruktury Piotr Malepszak wyraził zdanie, że RegioJet nie był odpowiednio przygotowany do podjęcia w Polsce działalności na tą skalę.
Kontrowersje Z uwagi na wielokrotne skargi pasażerów, dotyczące m.in. nieuruchamiania części połączeń, problemów ze zwrotem środków pieniężnych czy braku zarezerwowanych miejsc, 7 kwietnia 2026 Prezes Urzędu Transportu Kolejowego wydał decyzję potwierdzającą stosowanie przez RegioJet bezprawnych praktyk naruszających zbiorowe interesy pasażerów w transporcie kolejowym. W swoim postępowaniu UTK potwierdził, że sprawa dotyczyła 23 pociągów, z czego 7 funkcjonowało na trasie między Warszawą a Krakowem, 4 między Gdynią a Krakowem, a 12 między Poznaniem a Warszawą; powody odwołania pociągów przewoźnik tłumaczył trudnościami organizacyjnymi, mimo tego, że procedura sprzedaży biletów na przejazdy była uruchamiana.
20 kwietnia 2026, w wyniku kontroli sanepidu w Krakowie, zamknięto należący do RegioJet magazyn, w którym bez wymaganych decyzji przechowywano żywność i odpady. Z uwagi na ponadto niewłaściwy sposób jej przechowywania oraz fakt, że obiekt zaopatrywał pociągi przewoźnika, urząd wszczął procedurę nałożenia kary finansowej.