Jego hipotezę o założeniu parafii przez garncarzy Rusinów-Słowaków, o czym miałyby świadczyć greckokatolickie naczynia liturgiczne oraz jeden z ołtarzy „z całą rzeźbą i malowidłem pobocznem, według gustu i smaku ruskich kościołów”, obalił proboszcz szczawnicki ks. M. Matras w swojej pracy „Hipoteza o ruskim pochodzeniu Szczawnicy”. Ks. Bronisław Krzan, autor monografii Klejnot zagubiony w górach, wysnuł teorię, że kościół został wzniesiony przez klasztor klarysek w Starym Sączu, do którego Krościenko należało na przełomie XIII i XIV w. – jego zdaniem forma budowli jest zbyt skromna, by mógł ją ufundować król Kazimierz III Wielki. W chwili budowy kościółek był jedyną murowaną świątynią na szlaku prowadzącym ze Starego Sącza do Nowego Targu. Był budowlą jednonawową i bezwieżową.
W XIV i XV w. sufit i ściany od wewnątrz pokryto polichromią. Ponowne pokrycie ścian polichromią w 1493 r. zlecił nadwornemu malarzowi przejeżdżający przez miasto królewskie Krościenko król Jan Olbracht.